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En el menú "Inicio" de windows, hay un cuadro que dice "Ejecutar". Ahí escribe "msconfig".

Te abre una ventana y hay una pestañita que dice "Inicio de windows". Desde ahí puedes configurar los programas que arranquen al inicio, en tu caso, desactiva el que diga Skype.

Después de esto, solo usaras el Skype cuando tu lo decidas.

Sigue los pasos que te dejo a continuación, es muy sencillo:

Paso 1.- Abre Skipe

Paso 2.- Inicia sesión

Paso 3.- En la parte superior de la ventana de Skipe da click en Herramientas > Opciones...

Paso 4.- Desactiva la casilla que dice Ejecutar Skipe al encender el equipo

Paso 5.- Le das en click en Guardar

Espero y te haya funcionado :)

Coincido con Michael5, el el único modo que hay, asi que ármate de paciencia e intentalo :)

Oigan, a mi me inicia sesión pero solo, es decir, está desactivado para que arranque junto al equipo al momento de encender. Y por ejemplo ahora son las ocho y media de la noche y se abrio solo e inició sesión. Es la segunda vez que pasa en dos semanas :-(