El archivo que las esta ocultando sigue en tu carpeta por eso al realizar el refresh aun sigue.

usa esto

http://usb-show.softonic.com/

solo seleccionas donde quieres realizar la limpieza, una vez que lo haga elimina todos los archivos que no sean tuyos o que veas sospechozos así como las carpetas que sean acceso directo

Ya si no te resulta lo q han dicho los demas .. has esto ya en ultima opcion:

debes tener instalado winrar en tu PC .. asi lo abres buscas tu disco de tu USB ahi sale todas las carpetas ocultas y hasta los virus .. asi q copia los archivos importantes en otra carpeta de tu computadora(hay aveses q si copias de frente la carpeta en tu pc y lo buscas tampoco esta se esconde asi q no carpeta sino abres esa carpeta y copias el contenido asi aparecera donde lo guardes) y despues lo formateas tu usb pero .. ya almenos tienes la informacion y lo guardas de nuevo en tu usb.

Descripcion:

http://www.youtube.com/watch?v=gLaaq-iRHMY

Nota: si no kiers hacer esa nota de CMD ... solo busca lo q kiers y lo guardas en otro lado de tu pc y lo formateas despues ..si no has lo otro.

Espero haberte ayudado ..

haz que te lo analise un antivirus despues le aplicas el attrib... en otro caso bas a opciones de carpeta y le das en mostrar carpetas ocultas..

si tienes windows 7 ve a la carpeta donde estan ocultas las cosas, presiona Alt, luego herramientas, luego opciones de carpeta.. se abrira una ventana, en esa ventana ve a la segunda pestaña, ahi estara una opcion que dice "mostrar archivos y carpetas ocultos" o algo asi, tengo el windows en ingles...

si con eso no funciona entonces no se que mas puede ser