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primero que nada tu objeto ya se creo es de tipo lista que dentro va tener una colección de objetos String.

otra te dejo el api de java para ver todos sus métodos los mas eficientes para vaciar un ArrayList son

clear()

Removes all of the elements from this list.

Remueve todos los elementos de la lista.

Agregar Elementos

boolean add(E e)

Appends the specified element to the end of this list.

void add(int index, E element)

Inserts the specified element at the specified position in this list.

http://download.oracle.com/javase/6/docs/api/

Forma 1:

Vuelves a instanciarla, de esta forma vuelves a tener una lista "virgen" asignada a esa variable.

milista = new ArrayList<String>();

O bien:

milista.clear();

con esta segunda forma mantienes la misma instancia del objeto... a veces puede interesarte esto (sobre todo con objectos de DDBB de Hibernate etc). Pero por lo general ambas formas son válidas.