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-estan los subtitulos en un archivo aparte del video? (generalmente son en formato .srt o .sub)

-o estan ya pegados en el video?

-o son de los subtitulos flotantes? (bueno mencionas que estan en mp4, y generalmente los subtitulos flotantes se usan en videos en formato .mkv pero igual los tienes asi)

si es el primer caso nomas abre el archivo con alguna aplicacion de edicion de subtitulos (revisa los links de mas adelante) y te saldran los tiempos del video y los dialogos que se muestran en la pantalla nomas modifica, añade o borra pero ten cuidado con la sincronisacion (bueno casi todas las aplicaciones que he usado muestran el tiempo en el que se mostrara y el dialogo)

bueno unos tutoriales:

http://www.taringa.net/posts/ebooks-tutoriales/233...

http://foro.powers.cl/viewtopic.php?t=111695

muy buena pagina para hacer tu fansub, te explica subtitulos, encodeo y traduccion:

http://www.animesubs.org/

y otra aplicacion para sutitular:

http://foroanime.com/foros-de-anime/descargas-de-s...

mira si los subtitulos estan ya incluidos en el stream del video (es decir "pegados" y no estan en un archivo aparte) me temo que no hay forma que los modifiques sino que tendras que encimar o colocar en otro lugar de la pantalla los nuevos subtitulos (como con el sony vegas u otro editor de video)

si son flotantes me imagino que los puedes modificar (pues no hay muchos animes encodeados y subtitulados en esta forma ademas que muy pocas veces los he descargardo asi) pero igual con las aplicaciones de la pagina oficial de matroska (por eso se llama asi el formato .mkv) puedes descargar varias aplicaciones de utilidad que te pueden ayudar

bueno espero ser de ayuda