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ok have aparte de =tener= significa =haber= y se complementa como en espanol,,, dependiendo del verbo que uses despues y el tiempo en el que estes usando ese verbo, de esta forma en presente el verbo es have (y has para la tercera persona){no te olvides de tu espanol en espanol la tercera persona tambien modifica el verbo como en, yo soy ,tu eres ,el ES ella ES eso ES etc}) y HAD es el pasado.

ej I had a car =yo tube un carro pasado

pero si despues de have tienes un verbo cuida el tiempo de ese verbo pues te dara el tiempo de toda la oracion

ej. I have had a headache for hours=HE TENIDO un dolor de cabeza(tu ejemplo te da Have 2 veces una en presente y la segunda en pasado lo que significa que la accion esta todabia presente(el dolor no se ha ido)2-She has been waiting the bus for hours.(verbo have en presente tercera persona {ella} been verbo to be en pasado participio [estado]y tu accion <waiting>gerundio de wait) =esperANDO ==ella HA Estado esperando el bus

3-Nancy, who had been thoughtful for some time nancy who HADpasado been participio thoughtful pasado {aqui tendrias nancy Quien HABIA Estado pensativa{la accion definitivamente ya termino pero se esta platicando en este momento}

en definitiva solo presta atencion al vervo que biene despues ahi esta la clave

HAD es el pasado de HAVE

En español americano parece que no se usan ni el perfecto ni el pluscuamperfecto.

pero:

si entiendes 'she has been' = ella ha estado

tambien deberias entender 'she had been' = ella habia estado

Nancy, who had been

Nancy, quien había (verbo "Haber" en pasado) estado

Espero que la respuesta te haya servido.

El had mas el participio a su continuacion hace referencia al Past Perfect que en español se traduciría como Pretérito Pluscumperfecto Había....

Nancy, quien había sido precavida por un momento, de repente habló.

significa habia estado o sido, por eso es importante estudiar paso a paso la gramatica y no estas chiquitieando