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tienen el mismo poder.

Creo que si comparamos el el poder de Majin Vegeta SSJ2 y Goku SSJ2 durante esa pelea, podría decirte que Majin Vegeta sería apenas un poco mas fuerte. ¿La razón? Que al dejarse poseer por Babidi, este despertó sus poderes ocultos, pudiendo borrar la diferencia de poder que siempre le llevaba Gokú ( como Vegeta mismo explica durante la pelea ). Esto hizo que sus poderes se igualaran y la pelea sea muy reñida. Sin embargo, capítulos antes, se muestra a otros personajes posesionados por Babidi: Yamu y Spopovitch. Ahí se menciona que al dejarse poseer sus poderes eran fuera de lo ordinario y el cuerpo estaba en un límite muy forzado, al punto de hacerlos inhumanos, ya que durante la pelea de Videl contra Spopovitch, está le parte el cuello ( golpe que mataría a cualquier persona ) y este se lo acomoda sin más, como si no estuviera vivo.

Si tenemos en cuenta estas características propias al dejarse poseer por la magia de Babidi, podemos decir que Majin Vegeta también las tenía, con lo cual hubiera podido aguantar mucho mas el castigo físico y seguir como si nada. Entonces, a pesar de tener el mismo poder, en algún momento Goku habría llegado a su límite mientras que Vegeta hubiera aguantado mas, debido a esa capacidad inhumana de ser inmune a los padecimientos físicos.

Espero que te haya servido para aclarar tu duda, un saludo!