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Es muy fácil, lo que dices es correcto la clorofila es apolar y la acetona es un compuesto orgánico polar pero dentro de lo polar y lo apolar existen rangos, te pondré un ejemplo en el mundo de los lípidos sabes que todos son apolares pero más apolares que otros por ejemplo el colesterol y los triglicéridos. Los triglicéridos son más apolares que el colesterol porque éste tiene un grupo OH que lo hace ligeramente polar y los triglicéridos no tienen este OH. Ahora bien la acetona es polar pero es menos polar el alcohol y mucho menos polar que el agua. Por otro lado la clorofila ciertamente es apolar por su centro "hemo" pero poseen moléculas que la hacen ligeramente polar, por eso es que funciona, espero no hacer bolas, porque bien sabes que para algo polar lo disuelves con algo muy polar, para algo no tan polar usas un disolvente no tan polar o no de plano no polar, así pues como la clorofila es apolar ligeramente polar por así decirlo usarás entonces un disolvente apolar no tan apolar un o un disolvente polar poco polar como la acetona. Esta se usa también porque es más fácil de usar, es volátil y puedes separarlo facilmente.

Espero haber resuelto tu duda

Por sus componentes.