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pues yo iba a recomentarte el Pocket Divx Encoder, a mi me funciona muy bien, intenta en darle a home cinema cuando lo abres, y cuando le das a codificar dale a prioridad max. suele terdar un cuarto de hora o incluso menos, tb depende del ordenador. Hay mas programas para subtitular pero son muy complicados pero por si acaso te los dejo:

Virtualdudmod

Aegisub

Y si no siempre puedes descargarte el Bsplayer que te leer, todos los subtitulos solo reproduciendo el video y arrastrando los subtitulos encima.

Y si no otra opcion es subtitular con sony vegas, pero es un rollo porque tienes que ir frase por frase y sincronizandolo tu es un trabajo. Te dejo aqui un link de un tutorial:

http://www.youtube.com/watch?v=8wewkpowtso

Suerte

:)