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Lamentablemente tendrás que lograr cambiar la pieza o al menos deberás cortar hasta llegar a la parte sana porque la podredumbre de la madera es como una caries. si dejas algo, sigue pudriendo. No te recomiendo que uses el "parche holandés" que te recomiendan porque si no limpias bien seguirá pudriendo por dentro hasta salir por los bordes del parche y tendrás que hacer otro cada vez más grande.

Si es una pieza estructural deberás desarmar para reemplazarla. Si es una parte de una pieza grande o larga, se puede hacer lo que se llama una caja. Es un recorte generalmente rectangular de la pieza que se tapa con una tabla de madera bien ajustada y se une a la original con algunos refuerzos.

Para cubrir huecos pequeños, luego de retirar bien la parte podrida se puede usar "picote". Es resina epoxi trasparente de dos componentes mezclada con aserrin o viruta fina (según la terminación que necesites). Queda más fuerte que la propia madera pero no se adhiere bien al resto de la madera, porque es tan fuerte que arranca la primera capa de madera donde está adherida. También al ser tan rígida no tiene la flexibilidad del resto de la madera.

Lo mas práctico y seguro es ponerle un parche holandés que se puede fabricar con fibra de vidrio y consiste en poner la parte afectada en medio de dos parches ( a manera de sandwich ), así evitas cualquier tipo de filtración de agua.

La madera la tienes que lijar bién antes de aplicar el parche y una vez aplicado, ponerle pintura o barniz a ambos lados.

Hay una pasta que se llama wood filler, Se utiliza en construccion. Tambien hay un relleno que esta hecho a base de pvc.. Creo que lo deberan vender en las nuaticas o madereras. Averigua.