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por el uso que se les dan.

el correo electronico, es como mandar una carta.

en cambio, la mensajería instantánea seria como tener una conversación.

un correo electronico se manda a un servidor, donde se le muestra al receptor por medio del software encargado de almacenar los correos y distribuirlos segun su funcionamiento.

http://es.wikipedia.org/wiki/Servidor_de_correo

en cambio, la mensajería instantánea se basa en un software (que se puede instalar en un equipo o ser usado via web ), que permite envio de mensajes en vivo, a traves de dos o mas personas (equipos, etc...)

si tienes que dar una clase de informatica, te recomiendo leer los sitios de wikipedia, buscar que tipos de servidores se ocupan, como funcionan. que tipo de datos se pueden mandar en un correo electronico (archivos adjuntos, plantillas html, etc... ) que difiere de la mensajeria instantanea, que no tiene un standart definido y depende totalmente del software ocupado (ejemplo: msn )

pues que el correo electronico tu mandas mensajes largos y puedes adjuntar cosas mientras que en el otro mensajeria instantanea el recibe tu mensaje instantaneamente y es comoi si estuvieras dialogando pero por escrito

La mensajería instantánea es una forma de comunicación en tiempo real entre dos o más personas basada en texto.

Correo electrónico, es un servicio de red que permite a los usuarios enviar y recibir mensajes rápidamente mediante sistemas de comunicación electrónicos.

Ambos sistemas son brindados por internet, y en ambos tenes contactos y podes conversar pero la mensajeria instantanea es en tiempo real y el correo electronico no.

Diferencias:

El correo electrónico tarda un poco en llegar a su destinatario, mientras que la mensajería instantánea es de forma mas rápida. Los mensajes se reciben en solo segundos.

Saludos